Что целесообразнее: перерегистрация или создание обособленного подразделения?

Доброго дня. Нужна помощь очень.
Ситуация такая, ООО  на ОСНО зарегистрировано в одном городе (Екатринбург), деятельность по факту ведется в другом (Москва). Ранее деятельность велась удаленно (перевыставление услуг), директор периодически ездил в командировки. Есть официальное письмо на запрос из налоговой, что если нет стационарно оборудованного рабочего места в Москве, то обязанность оформлять там ОП у нас нет. Так было раньше.
Сейчас сотрудника 3, двое (один из них директор) из которых переехали в Москву, там планируется снимать офис. Также туда перевезли служебную машину, зарегистрированную в Екб. Один сотрудник находится в Екатеринбурге, но работает на дому, а в перспективе тоже будет работать в Москве. Аренда офиса по месту регистрации по бумагам есть, но по сути формальная.
По идее я понимаю, что надо делать перерегистрацию в Москве, директор по каким-то своим причинам этого не хочет, говорит что будем открывать ОП в Москве.
Что в данном случае целесообразнее и какие негативные моменты у каждого из этих вариантов могут быть? по сути я понимаю, что мы на сегодняшний день платим налоги не в тот регион, и надо как-то решать эту ситацию, но не понимаю как.